Známí agenti J (Will Smith) a K (Tommy Lee Jones) z filmu Muži v černém jsou zpět, tentokrát ovšem ve třetím díle. Agent J viděl už spoustu nevysvětlitelných věcí a záhad během svého dlouhého patnáctiletého fungování v agentuře Muži v černém. Ovšem i přes tuto dlouholetou praxi ho nic ani včetně mimozemšťanů nedokáže natolik zmást jako jeho sarkastický partner, který je takzvaným tajnůstkářem. Když je však, ale život agenta K a osud planety v nebezpečí, musí agent J zapátrat do minulosti a dostat se do ní, aby mohl vše dát do pořádku. Agent J zjistí, že ve vesmíru existuje mnoho tajemství, o kterých mu jeho partner neboli kolega nikdy nic neřekl. Tato tajemství však budou ale brzo odhalena.
